前がん病変も含めたがんに特化した免疫学的な発生機序から臨床応用までを広く網羅した研究を進めています。特に大腸や肺などの粘膜免疫にかかわる臓器における継続した慢性炎症からの上皮異形成と、それに引き続く癌化に焦点をあてた研究を推進しています。そのほか腫瘍微小環境の改善を応用した次世代癌免疫療法などの基礎研究も実施しています。

肝がん細胞におけるWntシグナルや肝がん微小環境（とくに肝がん特異的内皮細胞）に関する研究をおこなっています。また、独自開発した肝がん治療法「New FP」を、急速に進化する肝がん治療にどのように融合させていくかも研究しています。肝再生についても、基礎と臨床両面で精力的に研究しています。

分子標的部門は9講座で構成され、疾患横断的に分子標的治療を含む新しいがん治療の開発と疾患に対する最適化医療の開発を行っています。現在、様々な癌腫に対して多方面から癌治療に直結する因子の同定や腫瘍免疫環境に関する検討を行っています。