本講座の前身である細菌学教室は1929年に開講し、初代 登倉登教授、第二代 占部薫教授、第三代 中川洋教授へと引き継がれました。1956年に微生物学教室への改名に伴い細菌学講座とウイルス学講座の二講座での構成となりました。その後、細菌学講座（2007年から現感染医学講座基礎感染医学部門に改称）は、中村昌弘教授、荒井澄夫教授、桑野剛一教授を経て、2020年6月より、小椋義俊が担当することとなりました。

我々の研究室では、主に病原細菌を対象として、ゲノム科学、バイオインフォマティクス、分子生物学、細胞生物学などの手法を駆使して、その病原性の進化機構、生態学的意義、分子メカニズムの解明などを行っています。また、感染症の疫学調査や新規治療薬の開発などの臨床研究開発や、ゲノム情報解析を基盤とした様々な微生物や細菌叢に関する共同研究を実施しています。

・原因不明下痢感染症の解析
集団下痢症事例では、検査したほぼすべての患者便から同一血清型の大腸菌が分離され、他の病原体も不検出でありながら、分離された大腸菌から、既知病原型の下痢原性大腸菌マーカー遺伝子が不検出となる事例が多数存在します。大腸菌は腸内の常在菌でもあるため、このような事例では、原因菌としての確定ができず、原因不明下痢症事例として処理されてしまい、感染源の特定などの原因究明が困難となります。このような大腸菌は、まだ知られていない全く新規の病原因子を保持する新型の下痢原性大腸菌である可能性が考えられます。我々は、このような大腸菌と健康なヒト由来の常在大腸菌とを大規模に比較することで、新規病原因子の同定と新型下痢原性大腸菌の発見を目指しています。本研究の成果は、今後の臨床検査や疫学調査などに大きく貢献できます。



・大腸菌近縁菌株の病原性ポテンシャルの解明
Escherichia属には、E. coli, E. albertii, E. fergusoniiの3種に加えて、遺伝的に異なる６つのCryptic Escherichia clade（以後clade I-VI）が存在します。clade I-VIのヒトや動物への病原性はいずれも不明です。我々は、ウシから大腸菌として分離した約1000株の菌株から、21株のclade Iを同定しましたが、そのすべてが志賀毒素2a型（Stx2a）陽性であることを見出しました。Stxは、腸管出血性大腸菌の主要な病原因子であり、出血性大腸炎やHUSなどの重篤な疾患の原因毒素です。clade I特異的遺伝子配列を用いて、データベース検索したところ、大腸菌としてゲノム配列が登録されている株の中に、複数のclade Iが含まれ、その中には臨床分離株も存在することが明らかになりました。これらの知見は、clade Iがヒトに対する病原性を有する可能性を示唆します。現在、clade Iの詳細なゲノム解析、疫学調査、環境中での分布などを調べています。



・家畜や水環境中における薬剤耐性菌の解析
薬剤耐性菌の蔓延が社会問題化していますが、その対策には医療現場だけでなく、家畜や環境中での薬剤耐性菌の分布調査が重要となります。我々は、家畜や環境から分離した細菌のゲノムを大規模に解析することで、環境中での耐性菌の伝播やその耐性獲得機構の解明を行っています。





・その他の研究とゲノム研究支援活動
我々は、病原微生物、環境微生物、腸内細菌叢などを対象としたゲノム研究を共同研究として多数実施しています。